人所共知牡丹雍容華貴、美艷無比，但在其生長期中卻常有各種病害發生，已鑒定出的有20余種，其中真菌病害15種、病毒病害3種、線蟲病害1種以及缺素病等。牡丹的葉部病害大多數是真菌性病害，紅斑病和灰霉病是這些病害中最為嚴重的，它們引起葉局部壞死或整葉枯死，病原真菌分別為牡丹枝孢霉和灰葡萄孢、牡丹葡萄孢。其他尚有輪紋病、灰斑病、斑點病、輪斑病、炭疽病、銹病、白粉病等。它們往往使牡丹提前落葉，影響生機。

有些病害雖在牡丹花期之后盛發。但影響牡丹花芽孕育、長勢，不可忽視。防治此類病害要注意栽培管理，冬季清園，秋季徹底清掃落葉，澆水要避免在葉上滯留水分，施肥應N、P、K合理配比，覆土不能觸及葉基，及時除去病葉，枯葉，定期噴施苯駢咪唑類農藥(如多菌靈)、有機硫制劑（如代森鋅）或百菌清等，可控制或減輕葉部病菌的危害。

牡丹的枝干病害上述灰霉病菌、紅斑病菌以及炭疽病菌也可危及枝條，造成斑點、潰瘍等癥狀。莖腐爛又稱菌核病，使莖基或中部出現入漬狀褐色腐爛后呈灰白色，病莖內外有黑色大型鼠糞狀菌核。更換病土重新栽植以及剪除病部、噴施氯硝胺、苯駢咪唑類農藥或撒施硫磺粉等，可以減輕危害。由于此菌寄主范圍十分廣泛，輪栽不易達到控制目的。

牡丹的根部病害有白絹病、白紋羽病、紫紋羽病、根朽病、鐮刀菌根腐以及根結線蟲病等，它們引起根莖部腐爛、地上部枯萎，以及大小不等的根結。牡丹生長不良，根和根頸受損傷時易感染；土壤粘重，排水不良容易感病。可在種植前剔除有根結的病株，剪除部分腐爛的肉質根，以及改良土壤質地等控制措施來減少發病。

牡丹上的病毒病害已知有三種，一為斑駁病毒病，在葉部形成深綠、淺綠相間的同心輪環紋斑，病原為環斑病毒(PRV)。病毒粒子球形，蚜蟲傳播。二為牡丹病毒病，日本稱輪紋病，開始為談綠色褪綠斑，后呈環斑或輪紋斑，有時呈不規則形，植株矮化。病原為煙草脆裂病毒(TRV)。病毒粒子球狀。汁液、線蟲、菟絲子、牡丹種子都能傳毒。三為牡丹曲葉病，可使植株明顯矮化，僅正常時l/2，下部枝彎曲、葉卷曲，枝條細弱，嫁接傳毒，病原為牡丹曲葉病(PLCV)。田間衛生、防蟲、工具消毒是目前可行的防治措施。其他有類菌原體(MLO)引起的綠瓣病，缺鎂引起的缺素病，缺鉀及早春低溫引起的芽枯病等。