首先并不是所有水杉樹都具有藥用價值，其中的金葉水杉的葉子才有藥用價值，是杉科水杉屬植物中最名貴的品種。

金葉水杉的葉子具有“祛風燥濕，活血止痛”的功效。葉片及果實具有清熱解毒，消炎止痛的功效。現代藥理學研究表明，其含有的多種黃酮類化合物，具有抗心肌缺血、心律失常和心肌肥厚等作用。同時具有抗大鼠血小板聚集和改善血液流變性的作用。水杉葉片揮發物中，含有大量鎮咳、祛痰、平喘及消炎等作用的活性成分，其間主要是a－蒎烯、反式－丁香烯和日桂烯等。

據《中國中藥資源志要》記載：水杉葉、種子有清熱解毒、消炎止痛之功效,用于癰瘡腫痛、蘚瘡等癥;《名醫別錄》將其列為中品,謂煮湯洗,可治臁瘡；《本草綱目拾遺》載：杉木油治一切頑癬。另外，其種子揮發油對8種植物病原真菌均有一定的抑制作用，在園林植物配置中，可不同程度減少預防同園植物部份病害的發生。其葉片、種子揮發油中含有的多種活性成分及抗菌作用，不管是在醫藥化工還是農業應用等方面都有著廣闊的應用前景。